Na początku w nowym kościele zamiast organ była używana mocna fisharmonia podarowana przez dobrodzieja ks. proboszcza Ludwika Spohra ze Starych Tarnowic. Obecne organy pochodzą z rozebranego w 1907 roku kościoła św. Wawrzyńca w Wirku koło Katowic.
Najpierw trafiły do organmistrza Paula Berschdorfa w Nysie (Zakład Budowy Organów działał w Nysie w latach 1889 - 1945.
Prowadził go najpierw Paul Berschdorf, a od 1928 roku jego syn Carl), od którego po renowacji i przeróbce zostały odkupione. Pochodzą z lat 70-tych XIX w. Wyposażono je w urządzenie pneumatyczne do wdmuchiwania powietrza, powiększono o 8 nowych rejestrów, co razem z 12 starymi daje 20 głosów. Zamontowano też nowy kontuar ustawiony przodem w kierunku ołtarza. Posiada on dwa manuały, z których każdy liczy po 54 klawisze (od C do f3) i klawiaturę pedałową z 27 klawiszami (od C do d1) ułożonymi równolegle. Ławka organowa nie ma regulacji wysokości. Klapki do włączania registrów nad drugim manuałem wykonane są z tworzywa sztucznego i oznaczone w języku niemieckim. Instrument ma trakturę pneumatyczną. Klawisze połączone są z wiatrownicą ołowianymi rurkami. Organy posiadają piszczałki cynkowe i drewniane (sosnowe). Jest ich łącznie 1245 i podzielone są na dwie grupy C i Cis znajdujące się po przeciwnych stronach szafy organowej. Miech organowy dwuczęściowy magazynowy ma kształt prostokąta. Oprócz miecha głównego organy mają jeszcze trzy mieszki kompensacyjne.
Dyspozycja organów:
Manuał I
Mixtur 3u. 4 fach
Rausch quinte 2 2/3
Rohrflöte 4’
Oktave 4’
Gemshorn 8’
Gamba 8’
Hohlflöte 8”
Principal 8’
Bordun 16’
Manuał II
Geigen Principal 8’
Doppel Rohrflöte 8’
Portunal 8’
Salicet 8’
Aeoline 8’
Flaut-traverse 4’
Violine 4’
Pedał
Violon 16’
Subbas 16’
Principal-bass 8’
Flautbass 8’
Połączenia
Manual-Koppel II-I
Superoctav-Koppel II-I
Pedal-Koppel I
Pedal-Koppel II
Urządzenia pomocnicze
Wyłącznik klawiatury pedałowej
Wyłącznik manuału I
Piano
Mezzoforte
Forte
Fortissimo
Wyłącznik wszystkich registrów.
Prospekt organowy (szer. 4,24, wys. 6,5 m) utrzymany jest w tradycji gotyckiej. Wykonany z drewna sosnowego i pomalowany w formie fladrowania imitującego drewno dębowe, z nielicznymi złoceniami elementów ozdobnych. Wysoka podstawa (2,5 m) podzielona jest na 5 części czterema kwadratowymi filarami. Każda część ozdobiona jest prostokątnymi płycinami. Podstawa oddzielona jest od głównego prospektu gzymsem. Prospekt posiada pięć płaszczyzn piszczałkowych. Najwyższa (4 m) na osi, niższe po bokach i najniższe pomiędzy nimi. Płaszczyzna środkowa i boczne zakończone są ostrołukami wspartymi na okrągłych kolumnach i zwieńczone ażurowymi wimpergami z kwiatonem na szczycie, a na flankach pinaklami. Pomiędzy nimi mniejsze prostokątne płaszczyzny piszczałek zwieńczone rzędami żabek. Piszczałki w prospekcie ułożone są horyzontalnie.
Po raz pierwszy zagrano na tych organach w czasie Pasterki w 1912 roku. Organistą był rektor szkoły Koj. Przed poświęceniem kościoła w 1913 roku Br. Adjutus Zdebel pomalował na nowo organy kościelne.
W czasie I wojny światowej piszczałki organ miały podzielić los dzwonów zarekwirowanych na cele wojenne, ale okazało się, że są wykonane z cynku, a nie z cyny, więc nie zostały zabrane.
Instrument tego typu wymaga ciągłych napraw, strojenia i konserwacji. Pierwszy remont odbył się w 1926 roku. Wykonywała go przez kilka miesięcy firma Paula Berschdorfa z Nysy. W sierpniu 1929 zamontowano przy organach kościelnych dmuchawę „Ventus” na silnik elektryczny sprowadzoną ze znanej niemieckiej firmy produkującej części do organ „Aug. Laukhuff GmbH & Co. KG” w Weikersheim. W sierpniu 1943 roku pan Mierzowski z Tarnowskich Gór poddał nasze organy gruntownemu czyszczeniu. W 1957 roku remontem organ zajęła się firma organmistrzowska Władysława Kaczmarka z Wronek. Kolejny remont miał miejsce w lipcu 1963 roku. Organy boreckie remontował wtedy mistrz Nieżałowski z Włodzienina w powiecie głubczyckim. Przy okazji, aby zrobić więcej miejsca na chórze dla grającej w czasie różnych uroczystości orkiestry, całe organy z kontuarem przesunięto ok. 160 cm do tyłu. Na przełomie września i października 1971 r. pan Szwierc z Czarnowąsów wymienił membrany na nowe, sprowadzone z Niemiec z firmy „Aug. Laukhuff”. Kapitalnego remontu organ dokonali w sierpniu i wrześniu 1986 r. pan Benedykt Ksiądzyna z Prudnika ze swoim ojcem Zygmuntem z Paczkowa. Ci sami organmistrze remontowali i stroili organy w sierpniu 1991 roku. W 1992 pan Henryk Hober organmistrz i organista z Olesna naprawił pedały organowe, a w maju 2000 r. wykonał kolejny remont. W ostatnich dniach 2006 roku pan Hober zamontował do organ nową dmuchawę tej samej firmy, naprawił uszkodzony miech, a następnie odkurzył i podstroił instrument.
27 sierpnia 2000 roku w boreckim kościele miał miejsce koncert organowy uczniów Studium Muzyki Kościelnej z Opola. Wykonywali głównie utwory Jana Sebastiana Bacha. 10 września tego samego roku swój koncert dyplomowy organisty wykonał Marcin Bronkiewicz z Zębowic. Rok później 11 października koncert dyplomowy wykonał drugi uczeń Studium Muzyki Kościelnej w Opolu Br. Daniel Janik OFM.
Jeśli chodzi o organistów boreckich, to pierwszym był wspomniany już rektor szkoły pan Koj. Następnym, o którym wspominają kroniki był rektor szkoły pan Adolf Klösel (1888-1972). Pełnił tę posługę do 1945 roku. Po wojnie na organach boreckich grali Franciszek Ligendza i do kwietnia 1949 r. Serafin Bensz. Po nim od maja funkcję tę powierzono Paulinie Gajek (po mężu Gruca), która swą grą na organach służyła parafii przez ponad 50 lat (grała też w Borkach Małych). Oprócz niej na organach grali w tym czasie Maria Gorzołka (Gessler), Krystyna Kuchorz, Hartmut Giza. Od 2001 roku przez 6 lat organistą był Br. Daniel Janik.