Drewniana mensa wirkowego ołtarza głównego znalazła zastosowanie po małej przeróbce przy czwartym ołtarzu bocznym ku czci Najświętszego Serca Jezusowego umieszczonym w 1911 r. w nawie poprzecznej po lewej stronie. Nie wiemy jak wyglądał, gdyż nie zachowały się żadne zdjęcia tego ołtarza.
Wiemy tylko, że w jego centralnej części znajdowała się gipsowa figura Jezusa z promieniującym Sercem. Dla ożywienia kultu Najświętszego Serca Pana Jezusa wprowadzono nabożeństwa do tegoż Serca w pierwsze niedziele miesiąca. Nabożeństwa te miały następujący porządek: „Przenosi się Najświętszy Sakrament na ołtarz Najświętszego Serca Jezusowego, tam śpiewa się Litanię do Serca Jezusowego, odmawia akt przebłagania, a następnie Najświętszy Sakrament przenosi się w procesji do ołtarza głównego, gdzie udziela się błogosławieństwa”. O rozwijającym się kulcie Najświętszego Serca Pana Jezusa świadczy jeszcze kapliczka pod tym wezwaniem wybudowana we wsi w 1910 roku obok domu, który był pierwszym klasztorem przybyłych do Borek franciszkanów.
W połowie czerwca 1917 roku ołtarz Serca Jezusowego otrzymał nową nastawę, którą dostarczył architekt August Wittig z Monachium. Odnowiono figurę Serca Jezusowego, która pozostała pośrodku ołtarza. Z obu stron postawiono dwie drewniane figury św. Barbary i św. Małgorzaty Marii Alacoque (wys. 90 cm) sprowadzone z firmy „Winzing” w Düsseldorfie. Wszystkie wydatki zostały pokryte przez dobrowolne ofiary parafian. Ołtarz miał ok. 7 m wysokości i 2,8 m szerokości. Przed ołtarzem znajdował się dwustopniowy drewniany podest. Nastawa ołtarza zbudowana była w formie tryptyku z szerszą i wyższą środkową częścią. Pośrodku drewniane złocone tabernakulum. Nisze na figury zamknięte z góry ostrołukiem. Górną część ołtarza zdobiły pinakle.
W 1952 roku przy okazji prac remontowych w kościele uległa zniszczeniu figura Serca Jezusowego. Nową figurę (wys. 125 cm) ufundowaną przez dziewczęta boreckie zakupiono w księgarni św. Krzyża w Opolu i poświęcono w Uroczystość Najświętszego Serca Pana Jezusa 12 czerwca1953 roku.
Przy przebudowie ołtarzy bocznych w 1966 roku usunięto ołtarz Serca Jezusowego. W jego miejsce ustawiono inny przedstawiający Pana Jezusa ze św. Tomaszem Apostołem. Fundatorem tego nowego ołtarza Serca Jezusowego był Eugeniusz Diesenreiter (1882-1970), kawaler z Gorzowa Śląskiego, który mieszkał w Borkach Wielkich jako pensjonariusz Domu Opieki. Pomysł zmiany ołtarza spotkał się z krytyką wielu parafian. Ołtarz miał ok. 7 m wysokości i 3,30 m szerokości. Umieszczony był na drewnianym podeście. Podstawa miała 230 cm długości, 95 cm szerokości i 100 cm wysokości. Na płycie antepedium znajdował się wyrzeźbiony orzeł z rozpostartymi skrzydłami siedzący na otwartej księdze. Orzeł jest atrybutem św. Jana Ewangelisty. Na brzegach księgi litery Α i Ω. Skrzyniową podstawę ołtarza przykrywała drewniana mensa (275x105 cm). Po środku predelli (wys. 80 cm) duże tabernakulum również z umieszczonymi na drzwiczkach literami Α i Ω na tle krzyży. Po prawej i po lewej stronie tabernakulum płasko rzeźbione tablice (52x38 cm) z napisami w języku łacińskim „Affer manum tuam et mitte in latus meum” stanowiącymi cytat z Ewangelii św. Jana (J 20,27b) „podnieś swą rękę i włóż w mój bok”. Główną część nastawy ołtarza stanowiła składająca się z dwóch figur rzeźba (2x2 m) ze sceną przedstawiającą św. Tomasza wkładającego swą rękę do boku Pana Jezusa. Po obu stronach rzeźby znajdowały się dwie wysunięte lekko do przodu kwadratowe kolumny zwieńczone daszkami i pinaklami. Obramowanie rzeźby stanowiły listwy zdobione po bokach uszakami. Nad rzeźbą listwy tworzyły jakby dwuspadowy daszek ozdobiony z zewnętrznej i wewnętrznej strony motywami roślinnymi. Na czubku znajdował się krzyż. Listwy obramowania i kolumny ozdobiono płaskimi wzorami wytłoczonymi na płycie pilśniowej. Cały ołtarz pomalowany był na szary kolor. Rzeźby pokryte były srebrem, a pozostałe zdobienia pozłocono szlagmetalem.
Ołtarz z figurą św. Tomasza był dziełem niezbyt udanym, nieproporcjonalnym i nie harmonizującym z pozostałymi ołtarzami, dlatego w 1982 roku zdecydowano się na jego usunięcie. Figurę „Jezus i Tomasz” umieszczono na ścianie w tyle kościoła, a drewnianą podstawę, predellę i tabernakulum przeniesiono do pomieszczenia gospodarczego obok kościoła, aby czasami wykorzystywać ją do budowy „Bożego grobu”.
W miejsce zlikwidowanego ołtarza umieszczono na ścianie płaskorzeźbę „Zaśnięcie Najświętszej Maryi Panny” (150x110 cm), którą przeniesiono ze starego drewnianego kościoła. Płaskorzeźba ta to środkowa część szafowego tryptyku z końca XV wieku. Według świadectwa Pani Bronisławy Ligendzy fundatorem tego dzieła jest jej pradziadek Józef Ligendza (zastępca posła do parlamentu pruskiego w latach 1848-52 Martina Gorzołki). Prawdopodobnie do Borek Wielkich została zakupiona i sprowadzona z Wiednia tylko sama środkowa część tryptyku. Umieszczono ją w prawym bocznym ołtarzu drewnianej świątyni. Przeniesienie płaskorzeźby do nowego kościoła było podyktowane głównie względami bezpieczeństwa, ale także po to, by lepiej wyeksponować ten cenny i piękny zabytek, gdyż stary kościół jest rzadko używany i odwiedzany. Zezwolenie na przeniesienie figury zostało udzielone przez Kurię Diecezjalną w Opolu już w 1978 roku. Nowe obramowanie do płaskorzeźby wykonał mistrz stolarski Hartmut Giza (1942-2004) z Borek Wielkich według projektu artysty rzeźbiarza Br. Jacka Koschnego OFM z Góry św. Anny. Wykorzystano w nim częściowo obramowanie figury św. Tomasza, dzięki czemu harmonizuje ono z obecnym wystrojem świątyni. Całkowite wymiary zewnętrzne ramy wynoszą 4x2,6 m. W 2003 roku płaskorzeźbę zabezpieczono dodatkowo ozdobną kratą wykonaną przez Andrzeja Śmiertkę z Lutyni pod Wrocławiem (brata Ojca Adama Śmiertki)