Pochodzące z Wirka dwa ołtarze boczne zostały w 1912 roku wyremontowane, przemalowane i ustawione przez Br. Adjutusa Zdebla. Doskonale pasowały do nisz, jakby były wykonane właśnie do tego kościoła. Zachowało się zdjęcie ołtarza z prawej nawy wykonane miedzy rokiem 1925, a 1936.

Najprawdopodobniej drugi wyglądał tak samo. Nastawy ołtarzy miały swoje własne, nieco szersze od mensy, podbudowy. Szerokość ołtarzy wynosiła ok. 3,2 m, a ozdobne pinakle wieńczące ołtarz wznosiły się na wysokość przeszło 7 m. Środkowe, największe nisze miały kształt prostokątów ozdobionych w górnej części łukami i ażurowymi maswerkami. Łuki półkoliste, rozcięte, z wstawionymi pośrodku i wysuniętymi nieco baldachimami. Boczne nisze niższe i węższe, również prostokątne, ozdobione były u góry ostrołukami. Całość po bokach i u góry zdobiły różnej wielkości pinakle. Podstawy ołtarzy (wys.115 cm) i obie mensy (230x110 cm), podobnie jak w ołtarzu głównym, wykonano z piaskowca francuskiego w tej samej firmie. W 1913 roku w mensach obu ołtarzy w czasie poświęcenia przez ks. biskupa Karola Augustina umieszczono po środku w kwadratowych zagłębieniach konsekrowane już wcześniej relikwie męczenników św. Sewera i św. Restituty. Do dziś istnieją opieczętowane kamienie z przybitą gwoździkami kartką, na której umieszczono napis: „Anno Domini MDCCCCXI (1911) die undecima mensis Maji Ego Carolus Augustin, Episcopus Diocaesariensis, Suffraganeus Wratislaviensis, hoc altare portatile consecravi et Reliquias S. Restituti M. Et S. Severae M. In eo inclusi. + Carolus” (Roku Pańskiego 1911 dnia 11 miesiąca maja Ja Karol Augustin, Bisku Diecezjalny, Sufragan Wrocławski, ten kamień ołtarzowy konsekruję i Relikwie Św. Restituty Męczennicy I Św. Sewera Męczennika W nim umieszczam. + podpis). Figury do bocznych ołtarzy (wys. 120 cm) zostały sprowadzone z firmy Josepha Rifessera w St. Ulrich-Gröden w Tyrolu. Wszystkie zostały ufundowane przez dobrodziejów z Borek Wielkich. Po przebudowie ołtarza głównego zdecydowano się w 1966 roku na przebudowę ołtarzy bocznych. Dzieło to powierzono również Franciszkowi Janoszce. Podbudowy nastaw zwężono i zrównano z szerokością podstaw pod mensy ołtarzowe. Prace stolarskie wykonał miejscowy mistrz Piotr Kuzaj, a potrzebne drewno dostarczyli parafianie. Pod koniec 1966 roku ołtarze były gotowe. Oba ołtarze są tej samej wielkości (wys. 595 cm, szer. 320 cm) Nastawy wykonano w formie tryptyków z szerszą i wyższą środkową częścią. W zwieńczonych ostrołukami niszach umieszczono figury z poprzednich ołtarzy, ale figura św. Bonawentury z lewego ołtarza została wymieniona z figurą św. Elżbiety z ołtarza prawego. Obramowania nisz ozdobiono płaskimi wzorami wytłoczonymi na płycie pilśniowej oraz rzeźbionymi w drewnie ornamentami roślinnymi. Górne części zdobią pojedyncze pinakle, z których najwyższe środkowe zakończone są krzyżami. Przed ołtarzami umieszczono drewniane podesty. Kolorystyka ołtarzy bocznych i figur zmieniała się podobnie jak w ołtarzu głównym. Obecnie ołtarze utrzymane są w tonacji jasnobrązowej, płaskorzeźby pokryte są srebrem, a ozdoby roślinne złotem. Ku niezadowoleniu wielu parafian figury wielokolorowe przemalowano na biało z odcieniem żółci.
Ołtarz św. Antoniego znajduje się na przedzie lewej nawy kościoła. W centralnej, nieco wysuniętej części antepedium, wyrzeźbiono w piaskowcu monogram składający się z liter I, O, S i E, sugerujący, że ołtarz ten miał być poświęcony św. Józefowi. Podstawa flankowana jest dwiema kolumnami z czerwonego marmuru. Po środku predelli drewniana posrebrzana płaskorzeźba (80x58 cm) przedstawiająca kazanie św. Antoniego do ryb, a po obu stronach prostokątne płaskorzeźby aniołów. W centralnej części nastawy postawiono figurę św. Antoniego w zakonnym habicie, z trzymaną w prawej ręce księgą Pisma świętego, na której stoi Dzieciątko Jezus i przytula się do świętego. W lewej ręce trzyma kwiat lilii. Figura ta (wys. 130 cm) została ufundowana przez Jakoba Paweletz. W prawej niszy mieści się figura św. Ludwika, króla Francji, patrona III Zakonu. Przedstawiony jest w królewskiej koronie i płaszczu. W prawej ręce na wysokości piersi trzyma koronę cierniową. Figurę tę ufundował Joseph Grutza. W niszy lewej umieszczono obecnie figurę św. Elżbiety Węgierskiej, również patronki III Zakonu, w królewskim stroju, z chlebem w prawej dłoni, lewą ręką podtrzymuje płaszcz, zza którego wyłaniają się róże. Fundatorami tej figury jest istniejący w Borkach Wielkich Franciszkański Zakon Świeckich. Na zdjęciach wykonanych po 1925 roku widać, że wcześniej figura św. Elżbiety znajdowała się po lewej stronie w ołtarzu MB Różańcowej. Po przebudowie ołtarza wymieniono ją z figurą św. Bonawentury.
Na przedzie prawej nawy kościoła znajduje się ołtarz Matki Bożej Różańcowej. Jego antepedium, podobnie jak w ołtarzu św. Antoniego, ozdobione jest monogramem utworzonym z liter M,A,R i I, z których składa się imię Maryi. Predella ozdobiona jest posrebrzanymi płaskorzeźbami dwóch aniołów oraz na środku płaskorzeźbą Świętej Rodziny w betlejemskiej stajence. W środkowej niszy poprzedniego ołtarza mieściła się najpierw figura Najświętszej Maryi Panny. W 1925 sprowadzono z Monachium nową figurę Matki Bożej Różańcowej. Właściwie jest to rzeźba będąca kompozycją czterech figur. Centralne miejsce zajmuje Matka Boża w postawie siedzącej z koroną na głowie, lewą swą ręką podtrzymuje stojącego na jej kolanach Jezusa. Dzieciątko Jezus wyciąga prawą rączkę do błogosławieństwa. Przed Maryją i Jezusem klęczą zwróceni do siebie św. Dominik po lewej i św. Katarzyna Sieneńska po prawej stronie. Oboje przedstawieni w zakonnych habitach wznoszą wzrok na Maryję, która prawą ręką przekazuje im różaniec. Rzeźbę przeniesiono do nowego ołtarza. Prawą niszę tego ołtarza zajmuje figura św. Klary z Asyżu, w zakonnym habicie i monstrancją w rękach. Ofiarodawczynią tej figury jest żona Jakoba Paweletz, Klara. Po lewej stronie w niszy widzimy figurę św. Bonawentury, biskupa i doktora Kościoła, wielkiego teologa franciszkańskiego i autora biografii św. Franciszka. Przedstawiony jest w stroju kardynalskim z kapeluszem, w lewej ręce trzyma księgę, a w prawej pióro. Figurę ufundowali członkowie Kongregacji Mariańskiej.