Ołtarz główny, który zajmował centralne miejsce w prezbiterium, został zamontowany jeszcze przed poświęceniem kościoła. Pierwotnie znajdował się na środku prezbiterium na wysokości drzwi od zakrystii. Za ołtarzem znajdował się chór zakonny, czyli miejsce oddzielone od kościoła drewnianym przepierzeniem, przeznaczone na wspólnotowe modlitwy.

Po środku ołtarza umieszczona była figura św. Franciszka, prawdopodobnie ta, która obecnie stoi przy furcie klasztornej. Jakie figury ustawione były pierwotnie po bokach, nie wiadomo.

Nastawa ołtarzowa w formie tryptyku z wywyższoną środkową częścią miała wraz z podstawą prawie 9,5 m wysokości i ok. 4 m szerokości. Nisze zakończone ostrołukami zwieńczone były wimpergami z małymi rozetami w środku. Nad nimi ażurowe konstrukcje maswerkowej dekoracji z roślinnymi ornamentami i pinaklami. Nad tabernakulum tron do wystawiania Najświętszego Sakramentu z ozdobnym daszkiem, który mierzył ok. 175 cm wysokości. Po obu stronach ołtarza umieszczone były kute, ozdobne kraty (kotwice) łączące ołtarz ze ścianami, dzieło Br. Lucjana Kandory. Na nich zawieszono dwie wieczne lampki. Podstawę i mensę ołtarza wykonano z piaskowca francuskiego w firmie Launer z Erkelenz koło Mönchengladbach w Niemczech. W 1913 roku zakonny artysta malarz Br. Łukasz Mrzygłód namalował do głównego ołtarza obraz „Ekstaza św. Franciszka”. Jest to obraz olejny na płótnie o wymiarach 98 x 170 cm zakończony ostrołukiem. Nad obrazem w wimperdze znajdowała się płaskorzeźba pelikana karmiącego pisklęta krwią ze swego rozerwanego boku. Jest to chrześcijański symbol eucharystyczny. 6 lipca 1913 roku przy konsekracji ołtarza i kościoła w mensie ołtarza głównego umieszczono po środku w kwadratowym zagłębieniu (sepulcrum) relikwie świętych męczenników Placyda i Pii. Obok namalowanego wizerunku św. Franciszka w niszach znajdowały się wtedy gipsowe figury św. Józefa po lewej i św. Jadwigi Śląskiej po prawej (wys. 100 cm). W październiku 1921 roku z okazji 700-lecia III Zakonu obraz św. Franciszka i figury zostały ozdobione wokoło elektrycznymi lampkami. Według pierwotnego projektu Br. Mansweta ołtarz główny miał być dwustronny, czyli w kierunku wiernych i w kierunku chóru zakonnego. Ponieważ jednak sprowadzono z Wirka gotowy ołtarz, to od strony chóru widoczne były tylko jego „plecy”. Prawdopodobnie dlatego w 1925 roku zdecydowano się przesunąć ołtarz ok. 8 m do tyłu pod ścianę, rezygnując w ten sposób z oddzielonego od wiernych chóru zakonnego. Taka była także sugestia wizytatora generalnego, który wizytował klasztor w 1924 roku. W tym celu część posadzki podwyższono o jeden stopień. Miejsca dla zakonników (stalle) przygotowano przed ołtarzem. Po przestawieniu ołtarza trzeba było go powtórnie konsekrować. Za zezwoleniem biskupa dokonał tego O. gwardian. Przy okazji tych prac cały ołtarz został na nowo pomalowany i pozłocony przez mistrza malarskiego Nitscha z Raciborza.
W maju 1960 roku podjęto decyzję o przebudowie bardzo uszkodzonego przez szkodnika drzewnego ołtarza głównego. Prace rozpoczęto pod koniec 1961 roku. Wykonawcą był mistrz rzeźbiarski Franciszek Janoszka z Popielowa koło Rybnika. Pomagali mu miejscowi stolarze. Stary ołtarz zdemontowano, a obraz św. Franciszka najpierw powieszono na bocznej ścianie prezbiterium nad kamieniem węgielnym, a potem przeniesiono do klasztoru. Po prawie dwóch latach w przededniu Zielonych Świąt 1 czerwca 1963 roku budowa ołtarza głównego w stylu nawiązującym do gotyku szczęśliwie dobiegła końca. Jego poświęcenia dokonał O. gwardian Alard Fudalla. Przed odpustem św. Bartłomieja zainstalowano jeszcze brakujące figury św. Bartłomieja i św. Marcina oraz dwa anioły podtrzymujące koronę nad tabernakulum i dwa dalsze anioły pod figurą św. Michał Archanioła u szczytu ołtarza. Pierwotnie ołtarz pomalowany był na szaro, a elementy ozdobne w kolorze patynowanego srebra lub złocone. Wszystkie figury były wielokolorowe z dużą ilością srebrzeń. Takimi samymi kolorami pokryto zbudowane później ołtarze boczne. W 1975 roku z okazji 750 rocznicy śmierci św. Franciszka obraz w ołtarzu głównym zyskał dodatkowe oświetlenie.
W czasie renowacji świątyni w 1982 roku wszystkie ołtarze zostały przemalowane. Kolor szary zastąpiono jasnobrązowym z elementami brązowymi i ciemnobrązowymi, ozdoby w większości pozłocono, a niektóre usunięto. Nisze pomalowano na kremowo. Przy okazji obniżono górną część ołtarza o 90 cm, ponieważ zasłaniała malowidło znajdujące się nad ołtarzem. Figury pomalowano na biało z odcieniem pomarańczowym, zachowując srebrzenia. Przy ostatniej renowacji w 2004 roku znowu zmieniono kolorystykę ołtarza głównego. Całość pomalowano na jednolity kolor z zewnętrzną brązową warstwą w formie fladrowania, czyli imitującej drewno, by ołtarz lepiej komponował się z „dębową” kolorystyką wystroju prezbiterium i kościoła. Nisze oraz niektóre części zdobień i tła pokryto ciemną czerwienią. Odnowiono złocenia i srebrzenia. Dodano także kilka zdobień. Pierwsza renowacja wykonana była przez firmę Antoniego Buhla z Krośnicy, a druga przez tę samą firmę, ale kierowaną przez jego syna Waldemara Buhla.
Ołtarz główny składa się z mensy i dekoracyjnej nastawy (retabulum). Wysokość całej konstrukcji wynosi obecnie 12,5 m, a szerokość 6 m. Przed ołtarzem znajduje się trzystopniowy podest drewniany z dębowym parkietem. Kamienna mensa ołtarza ma długość 3 i szerokość 1,5 m. Oparta jest na bloku z piaskowca. W centralnej nieco wysuniętej części antepedium można zobaczyć wyrzeźbiony w gotyckim stylu monogram Chrystusa IHS z krzyżem po środku. Są to pierwsze litery greckiego imienia Jezus (IH), czasami tłumaczone po łacinie „Iesus Hominum Salvator” – Jezus Zbawiciel Ludzi lub „In hoc signo (vinces)” - w tym znaku zwyciężysz. Antepedium ozdobiono na flankach parami posrebrzanych kolumn. Przy ostatniej renowacji kamienną podstawę ołtarza pomalowano w dwóch odcieniach żółci. W dolnej części nastawy ołtarza (predella) znajdują się medaliony (Ø 37 cm) z drewnianymi płaskorzeźbami popiersi czterech Ewangelistów podpisanymi w języku łacińskim. Od lewej św. Mateusz, św. Marek, św. Łukasz i św. Jan. Na obu krańcach predelli uszaki z motywami roślinnymi. Po środku stalowe tabernakulum z drzwiczkami zdobionymi motywami kłosów i winogron. Na tabernakulum miejsce do wystawiania Najświętszego Sakramentu (tron) na tle monogramu Chrystusa ze złotymi promieniami. Nad tronem dwaj aniołowie w pozycji klęczącej z palmami w jednej ręce, drugą podtrzymują dużą koronę (Ø 50 cm). Nastawa ołtarza jest tryptykowa, czyli składająca się z trzech części, głównej szerszej i wywyższonej oraz dwóch bocznych. Każda z trzech kwater flankowana jest walcowymi, srebrzonymi kolumnami i zwieńczona łukiem w kształcie oślego grzbietu z kwiatonem na czubku. Łuki na zewnątrz i wewnątrz ozdobione są złoconymi ornamentami roślinnymi. Po obu stronach bocznych kwater ażurowe uszaki z gotyckimi wzorami. W środkowej kwaterze umieszczono obraz olejny na płótnie przedstawiający Chrystusa, który z krzyża jednym ramieniem obejmuje św. Franciszka, patrona kościoła. Przy krzyżu namalowany jest kwitnący krzew czerwonej róży. Obraz o wymiarach 160 x 300 cm, zakończony eliptycznym łukiem, jest dziełem Eduarda Kaempffera z 1906 r., tworzącego na Śląsku niemieckiego malarza i rzeźbiarza żyjącego w latach 1859 – 1926. Po obu stronach obrazu w niszach znajdują się dwie drewniane figury. Po prawej figura św. Józefa o wysokości 210 cm z Dzieciątkiem Jezus na ręku i lilią. Natomiast po lewej, o podobnej wysokości, figura św. Jadwigi Śląskiej w cysterskim habicie i płaszczu, z diademem na głowie oraz makietą kościoła w lewej ręce. Nad główną częścią tryptyku znajduje się figura św. Michała Archanioła w zbroi, z rozpostartymi skrzydłami, depczącego głowę szatanowi, z uniesionym mieczem w prawej ręce i wagą w lewej. Nad prawą częścią figura św. Bartłomieja częściowo odartego z szaty, z uniesioną i przywiązaną do słupa prawą ręką, z nożem w lewej ręce. Nad lewą częścią figura św. Marcina w rzymskiej zbroi i długim płaszczu, z mieczem w prawej ręce. Te trzy drewniane figury o wysokości ok. 110 cm umieszczone są jakby w wieżyczkach z baldachimami (daszkami) zwieńczonymi ażurowym wykończeniem w kształcie trójkąta (wimpergi) z kwiatonem na szczycie. Środkowa wimperga zakończona jest krzyżem. Do ozdób górnej części ołtarza należą też liczne pinakle, czyli typowe dla gotyku ozdobne, smukłe listwy zakończone od góry ostrosłupem, którego krawędzie dekorowane są żabkami i zwieńczone kwiatonem.