Cechą charakterystyczną stylu gotyckiego są duże okna zakończone ostrołukiem, podzielone maswerkami i wypełnione witrażami. W samym kościele boreckim znajduje się obecnie 31 okien różnej wielkości. 27 z nich dostarcza naturalnego światła do wnętrza kościoła, a 4 znajdujące się w prezbiterium łączą kościół z pomieszczeniami klasztoru. Okna witrażowe znajdują się również w wielu łukach nad drzwiami i w samych drzwiach.
Oprócz tego w całym budynku zamontowano kilkadziesiąt różnych okien i okienek o różnym kształcie, które dostarczają światła do wieży, klatki schodowej, pomieszczeń gospodarczych przy kościele i na strych. Ceglane maswerki tworzą w górnej części typowe dla gotyku rozety, motywy rybiego pęcherza i trójliścia. Do budowy tych skomplikowanych i wymagających bardzo wielkiej precyzji konstrukcji przyczynił się borczanin - mistrz budowlany Józef Gorzołka. Parapety wykonano z płytek ceramicznych powlekanych glazurą. Witraże zamontowane w oknach kościoła pochodzą z warsztatu Maxa Nierle z Wrocławia (Max Nirle, Atelier für Glasmalerei und Kunst-Verglasung, Breslau). Każda para przeciwległych okien posiada inny wzór. Wzory składają się z figur geometrycznych o przeróżnych kształtach i kolorach. W każdym oknie użyto od 8 do 14 pastelowych kolorów szkła. Jedynym motywem powtarzającym się we wszystkich oknach jest ciemniejszy pasek obwódki. Największe okno znajduje się w prezbiterium za ołtarzem (szer. 3,3 m, wys. 6,5 m). Nieco mniejsze są okna w nawie poprzecznej (szer. 3,3 m, wys. 6 m). Natomiast najwyższe okna znajdują się również w prezbiterium i mierzą 7,5 m. Łączna powierzchnia witraży okiennych w samym tylko kościele wynosi ok. 140 m2. W 1913 roku w pięciu oknach zamontowano mechanizmy umożliwiające uchylne otwieranie okien w celu wentylacji kościoła. W latach 1955-1956 przeprowadzono gruntowny remont okien połączony z zamontowaniem w wielu miejscach drugiej warstwy witraży, aby ocieplić kościół. Prace te wykonała firma pana Nowaka z Chocianowic. Przy okazji remontów ze względu na często tworzące się zacieki zdecydowano się na zamurowanie trzech okrągłych okien w górnej części nawy poprzecznej. Wielką pomoc w stawianiu rusztowań przy poszczególnych oknach wyświadczył mieszkaniec Borek Wielkich pan Józef Zug. W roku 1977 przy okazji prac elewacyjnych postanowiono odbić zamurowane wcześniej okna, zamontować drugą warstwę szkła i zabezpieczyć przed zaciekaniem dodatkową blacharką. Pod koniec lat 80-tych założono podwójne okna w kolejnych 4 dużych i 5 mniejszych oknach.