Najwyższymi częściami budynku kościoła są dachy czterospadowe, których łączna powierzchnia wynosi ok.1400 m2 , co razem z dachem wieży 360 m2 daje ok. 1760 m2. Konstrukcję nośną stanowi więźba dachowa wykonana z drewna zgodnie z projektem Br. Mansweta. Pierwsze pokrycie dachowe z łupka kamiennego zostało wykonane przez firmę Emanuela Rottera z Prudnika. Kalenice wykończono gąsiorami ceramicznymi.

Wzdłuż okapów zamontowano rynny i rury spustowe. Na całym dachu założono również instalację odgromową. 

Wierzchnia warstwa dachu narażona na działania warunków atmosferycznych musiała być regularnie przeglądana i naprawiana. Gruntowny remont dachu odnotowano w maju 1941 roku. W 1942 planowano remont rynien. W tym celu w maju mistrz Regber z Kluczborka wykonał kosztorys, ale do realizacji prac nie doszło. Dopiero po wojnie w 1946 roku udało się rozpocząć bardzo potrzebny remont rynien. Ponieważ zgodnie z projektem rynny leżały na murze, przy lada okazji woda wsiąkała w mury i do wnętrza kościoła. W celu usunięcia tego problemu postanowiono usunąć wszystkie rynny, przedłużyć dach o 1 metr tak, by okap dachu wysunąć przed płaszczyznę elewacji i założyć nowe rynny i rury spustowe. Materiały na ten cel w postaci desek i belek zbierano już od dawna. Z wielką trudnością udało się zdobyć blachę cynkową. Gdy zgromadzono już wszystkie potrzebne materiały, mistrz ciesielski Franciszek Gruca z Wysokiej z pomocą miejscowych fachowców dokonał przebudowy kościelnego dachu. W 1951 roku naprawą dachu zajął się mistrz Emil Bartodziej ze Strzelec Opolskich. Kolejny remont wykonano w roku 1977. Mistrz dekarski Gerard Chałupka pokrył wtedy małą wieżyczkę blachą cynkową i pomalował ją specjalną farbą, a Helmut Bartodziej ze Strzelec Opolskich naprawił wszystkie dachy. Pojawił się nawet pomysł, aby niższe dachy nad bocznymi nawami pokryć nowoczesnym wtedy eternitem. Na szczęście do realizacji tego przedsięwzięcia nie doszło.
Po zmianie w 1983 roku pokrycia wieży na miedziane, przyszła kolej na zmianę pokrycia dachu kościoła. Firma Tadeusza Łosia między czerwcem a listopadem 1984 roku zdemontowała wysłużony łupek i zastąpiła go blachą miedzianą. Wymieniono także wszystkie rynny i rury spustowe. Prace przy dachu nie zostały wykonane zbyt fachowo i w wielu miejscach pojawiały się zacieki. Po położeniu blachy miedzianej na klasztorze założono także miedziane daszki na 40 przyporach kościoła. W 1993 wyremontowano cieknące rynny. W Wielki Piątek 28 marca 1997 roku wichura zerwała znaczną część miedzianej blachy z południowej części dachu kościoła. Po świętach firma pana Antoniego Dudka z Ciasnej z pomocą parafian przystąpiła do naprawy. Przy okazji zamontowano drabinki przeciwśniegowe. Ta sama firma przeprowadziła kolejny remont dachu w kwietniu 2000 roku. Miedziany dach powoli pokrywa się zielonkawą patyną, która nadaje całej budowli nowego wyglądu.